Bioinformatics Course Notes (Ming LI)



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UNIVERSITA’ DI MILANO-BICOCCA CdL IN INFORMATICA

  • Corso di
  • ALGORITMI COMPLEMENTI
  • Prof. Giancarlo Mauri
  • Distanza di edit e programmazione dinamica

Confronto di sequenze

  • Il confronto tra sequenze è fondamentale in campi come la biologia computazionale, l’analisi dei testi e molti altri.
  • Possibili obiettivi:
  • misurare la “similarità” tra le sequenze
    • allineamento
  • misurare la “diversità” tra le sequenze
    • distanza di edit
  • trovare parti comuni alle sequenze
    • pattern discovery
    • allineamento locale

Distanza tra due sequenze

    • Come si misura la similarità ?
  • Bisogna capire da dove possono nascere le differenze: errori di trascrizione, mutazioni, inserimento, cancellazione o sostituzione di basi ...
  • Misuriamo la diversità
  • Distanza di edit tra due sequenze S1 e S2 (Levenshtein 66):
  • numero minimo di operazioni di “modifica” necessarie per trasformare S1 in S2


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