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)APPAIAMENTO / ANNEALING DEI PRIMER



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29.03.2019
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2)APPAIAMENTO / ANNEALING DEI PRIMER:

i primer sense e antisense che abbiamo messo nella nostra provetta, devono legarsi alla sequenza di DNA complementare. L’appaiamento avviene a T inferiore rispetto alla fase di denaturazione, e corrisponde a 40-60°.

Siamo noi che decidiamo a quale T abbassare il macchinario, e questa T dipende dalle caratteristiche della sequenza di DNA che vogliamo amplificare: infatti ogni oligonucleotide ha una temperatura di appaiamento più adatta. Il range di T va da 40-60°: quando usiamo 60, siamo più stringenti perché vogliamo che uno specifico oligonucleotide si appai; se usiamo T di 40 possiamo favorire anche appaiamenti aspecifici perché l’oligonucleotide potrebbe legarsi anche a una sequenza che non è perfettamente complementare.




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